El Programa de Investigación en Neurociencias (PIN) nace en 1999 como un proyecto de investigación bajo el nombre de Programa de Investigación en Neurociencias (PIN), impulsado por el Dr. Jaime Fornaguera Trías (actual director) junto con reconocidos investigadores como el Dr. Henning Jensen Pennington (Instituto de Investigaciones Psicológicas, IIP, actual rector UCR) y el Dr. Pedro León Azofeifa
(Centro de Biología Celular y Molecular, CIBCM). Por el crecimiento y por las temáticas abordadas, se convierte en el año 2002 en uno de los cinco Programas de Interés Institucional de la Universidad de Costa Rica (UCR) y en el año 2012, por su constante crecimiento y desarrollo, adopta la figura de Centro. Las primeras investigaciones que se desarrollaron, se centraron en el Área de Neurobiología, desarrollando Modelos Animales para el estudio de la enfermedad de Parkinson, la segunda enfermedad neurodegenerativa más frecuente en la población mundial. Se hace uso de la técnica de cromatografía para el análisis de neurotransmisores cerebrales (HPLC-EC), que en ese momento fue un sistema de vanguardia en Costa Rica, logrando además, estandarizar la técnica para el análisis de Dopamina, Norepinefrina, Serotonina y sus metabolitos. El Área de Neurobiología creció aún más en el año 2006, cuando se estableció una línea de investigación que se enfoca en el estudio conductual y neuroquímico de los efectos de diferentes modalidades de alojamiento en animales de diversas edades. En cuanto al Área de Neurogenética, ésta se consolida con la incorporación gradual de nuevos investigadores pertenecientes a la sección de Genética del Instituto de Investigaciones en Salud de la UCR, realizándose estudios sobre enfermedades neurológicas progresivas hereditarias como las distrofias miotónicas, la enfermedad de Huntington, el Síndrome del cromosoma X frágil, y del Síndrome del Déficit Atencional, entre otras. Desarrollo Cognitivo es la tercer Área en incorporarse, siendo hasta el año 2005 que se inicia con el estudio sobre Funciones Ejecutivas y su relación con el desarrollo cognitivo en niños y niñas costarricenses en edad preescolar. Para el desarrollo de este estudio fue indispensable establecer contactos con personeros del Ministerio de Educación Pública (MEP), quienes han contribuido a una mayor proyección del mismo. Los temas que se han abordado a lo largo de los años en estos proyectos, no sólo tienen importancia desde el punto de vista de la investigación básica, sino también a nivel de investigación aplicada. El CIN ha asumido la responsabilidad de trabajar e incorporar en sus proyectos los tres ejes sustanciales de la Universidad de Costa Rica: la Investigación, la Acción Social y la Docencia, siendo así que los trabajos que desarrolla abarcan temas de interés nacional relacionados, entre otros, con el área de la Educación, la Salud y el comportamiento animal y humano.